A prática de Pilates pode ajudar na recuperação após um trauma, como ossos fraturados, luxação muscular, dor de costas, como lombalgia. No entanto, é importante que as aulas sejam orientadas pelo fisioterapeuta com conhecimento do método para que possam ser realizados os melhores exercícios para acelerar a recuperação.
Os exercícios são feitos de acordo com o ritmo do paciente e avançando de acordo com o desempenho, além disso dentro do ambiente do Pilates podem ser realizadas, adaptações para que o paciente realize os exercícios com segurança.